Собравшись в 1999 году после перерыва, «Цветы» отметили свое 30-летие юбилейным концертом, но не возвратились в шоу-бизнес, не писали новых песен и не гастролировали, а работали в Театре музыки и драмы Стаса Намина, участвуя в создании мюзикла «Волосы», рок-оперы «Иисус Христос — суперзвезда» и других проектах.

В своё 40-летие на новом витке жизни неожиданно для всех «Цветы» снова начали активную творческую жизнь. В 2009—2010 году группа записала на студии Abbey Road двойные альбомы «Назад в СССР», в который вошли все их песни периода 1970-х, и «Распахни своё окно», в который вошли их запрещённые песни 1980-х. После юбилейного концерта 2010 года выпущен на DVD концертный альбом «Цветы-40». Впервые более чем за 20 лет, опять вышли на большую сцену и возобновили регулярную гастрольную деятельность. В 2012 году в концертном зале «Крокус» состоялся еще один большой концерт группы, где помимо их известных хитов и запрещённых песен 1980-х «Цветы» представили публике новый репертуар. Этот концерт также выпущен на двух DVD — «Человек разумный» и «Власть цветов».

Осенью 2014 года началась первая часть тура «Цветов», посвященного 45-летию группы. В 2015 году планируются его вторая часть и мировое турне. 14 ноября в зале Arena Moscow прошел первый московский концерт тура. В конце мирового турне в Москве запланирован большой юбилейный концерт группы «Цветы» с участием гостей — отечественных и зарубежных рок-звезд. Это будет последний, открытый для публики концерт «Цветов». После этого группа планирует сосредоточиться только на студийной работе.